Dernière mise à jour le 14 septembre 2026

Quand un travailleur doit s’absenter en raison de son état de santé, une interrogation revient constamment : celle des congés payés et de leur décompte. Quel est l’impact de l’arrêt de travail sur la prise de congés payés ? Le salarié en arrêt maladie peut-il acquérir des congés pendant sa maladie ? Quelles sont les conséquences pour les jours de RTT ? Nous vous expliquons.

Quel est l’impact de l’arrêt de travail sur la prise de congés payés ?

Quand un salarié est en arrêt de travail, que ce soit pour maladie professionnelle ou non, cela entraîne des conséquences sur ses congés. Les modalités diffèrent si le travailleur tombe malade avant de prendre ses congés ou pendant ceux-ci.

Si l’arrêt de travail débute avant la prise de congés payés

La règle est fort simple : le salarié ne perd pas de jours de congés. Il est autorisé à les reporter après la reprise du travail. L´employeur ne peut pas obliger un salarié à prendre ses congés pendant la période de maladie. 

Que se passe-t-il si le salarié revient après la période de congés payés autorisée ? L´employeur est tenu d’octroyer à son salarié une nouvelle période de congés même en dehors des dates autorisées. Cependant, il a le droit de décider de la date en respectant les délais de prévenance.

Si l’arrêt de travail débute pendant les congés payés

Depuis un arrêt de la cour de cassation datant de septembre 2025, le salarié peut demander le report des congés coïncidant avec son arrêt de travail. L’employeur est obligé de lui accorder.

En effet, la Cour de justice de l’Union européenne considère que le congé annuel payé a pour but de permettre au travailleur de se reposer et de disposer d’une période de détente et de loisirs.

Cependant, si le salarié ne demande pas le report de ses congés, il perçoit son indemnité de congés payés, mais aussi les indemnités journalières (IJ) versées par le régime d’assurance maladie. Ce qu´il ne touche pas, ce sont les indemnités complémentaires dues par l´employeur en cas de maladie.

L’acquisition des congés payés pendant un arrêt de travail

Un salarié en arrêt de travail pour cause de maladie non professionnelle continue à acquérir des congés pendant ces périodes d’absence, mais il aura droit à 2 jours ouvrables par mois au lieu de 2.5 pendant les périodes travaillées (ou assimilées).

Si le salarié n’a pas pu prendre ces congés en raison de son arrêt, il bénéficie d’une période de report de 15 mois pour les congés acquis pendant cette période. À l’issue de ce délai, les congés non pris sont en principe perdus tant que le contrat de travail est en cours.
Ainsi, en cas d’arrêt maladie de très longue durée (par exemple 3 ans), le salarié ne cumule pas indéfiniment plusieurs années de congés payés reportables : chaque « vague » de congés acquis pendant une période de référence doit être prise (ou reportée) dans le délai de 15 mois qui lui est applicable, sous peine de perte.

En cas d´absence en raison d´un accident de travail ou de maladie professionnelle, c’est différent. le nombre de congés acquis continue à être de 2.5 jours ouvrables par mois. Les conditions de report sont les mêmes que pour un arrêt de travail pour maladie ordinaire.

Arrêt de travail et RTT

Le dispositif de réduction du temps de travail (RTT) donne au salarié des journées (ou demi-journées) de repos lorsque la durée de travail dépasse les 35 heures par semaine. Ces jours de RTT sont repris dans les conventions collectives ou dans les accords collectifs.

Pour voir l’impact de l’arrêt maladie sur les RTT, il est important de vérifier ce qui est prévu dans ces documents. Tout dépend de leur mode de comptabilisation. Deux cas de figure existent :

• Quand les jours de RTT sont obtenus en fonction des heures réellement prestées au-delà des 35 heures par semaine, les jours d´arrêt maladie ne permettent pas en principe de se voir octroyer des RTT. En principe… Car il se pourrait que l’accord ou la convention collective le permette. 

• Quand les jours de RTT constituent un forfait, le travailleur ne les perd pas en cas d’arrêt maladie.

Il arrive qu’un salarié en arrêt maladie ne prenne pas ses jours de RTT. Cela ne lui ouvre aucune indemnisation sauf si un accord collectif en dispose autrement.